Cena escreve com a mão esquerda. Ele é um fã da animação japonesa e mencionou que seu filme preferido é Hokuto No Ken. Ele também afirmou que é fã da série de videogame Command & Conquer e é o seu jogo favorito,Cena também é fã dos times Boston Red Sox e Tampa Bay Rays (ambos de beisebol), New England Patriots (futebol americano) e Boston Celtics (basquetebol). Ele coleciona muscle cars, tendo cerca de 20.
Enquanto promovia seu filme de 2009, 12 Rounds, Cena anunciou seu noivado com sua namorada Elizabeth Huberdeau. Eles se casaram em 11 de julho do mesmo ano.

Um vídeo que John Cena beija sua esposa depois do Summerslam 2010.